Программа направлена на подготовку специалистов, владеющих компетенциями в области гидроэнергетики; гидравлики и гидрологии гидротехнических сооружений; экологического и рыбохозяйственного обустройства водохранилищ; проектирования, эксплуатации и обслуживания наплавных сооружений, предназначенных для защиты гидротехнических сооружений от плавающего мусора и древесины; разработки технологий рыбопропуска и рыбозащиты на гидроузлах.
Центральное место в учебной программе будущих магистров наряду с естественно-научными и природоведческими дисциплинами занимают технические и инженерно-строительные. Выпускники направления занимают позиции инженеров на предприятиях, специализирующихся на вопросах обустройства территорий и строительстве.